Hypothèse plausible, le cas se retrouve ailleurs sur des lignes d'intérêt secondaire...
Une autre explication : la logique des travaux de cette époque était l'emploi de main d'oeuvre (une population à occuper, plutôt disponible et en quantité) plutôt que de matériels (dont la plupart de ceux qui nous sont familiers n'existait pas).
La logique de transport était par contre à l'économie pour le chantier et pour les matériaux. Pour la création de lignes, par exemple, le creusement de tranchées en un point s'équilibrait avec la réalisation de remblais à d'autres endroits proches (déblais et remblais exécutés exclusivement à la pelle et la pioche, chargement dans des wagonnets, déchargement sur les remblais et talus...) Et sur le FOL, entre Tassin et Saint Just, la géographie locale était plus contraignante qu'entre Tassin et Alaï. On y retrouve logiquement une succession de tranchées et talus.
Au delà, le viaduc d'Alaï, construit en même temps que le reste de la ligne, n'était donc pas utilisable pour transférer les remblais. Le volume total des déblais extraits (entre Alai et St just) était peut-être insuffisant pour réaliser un talus sur la totalité de l'emplacement de l'estacade (celle qui a été démolie), et l'option maçonnerie de pierre était peut être plus intéressante économiquement. Un historien pourrait se pencher sur l'hypothèse ; pour les remblais / déblais, le cubage est assez simple à faire à partir des vestiges...
On peut noter que parallèlement, les fortifications de Lyon (projet HAXO réalisé par Rohaut de Fleury à partir de 1831, complétées et modernisées par le système Séré de Rivière à partir de 1874, soit à une époque en lien chronologique direct), ont nécessité l'emploi une main d'oeuvre spécialisée dans la maçonnerie de pierre ; ces bras étant disponibles, il est peut-être apparu opportun de continuer à les occuper en leur faisant réaliser des travaux d'infrastructures ferroviaires, comme par exemple les maçonneries du FOL, la ligne étant décidée vers 1876.
Ce qui m'a amené à cette réflexion :
En croisant les infos avec les préoccupations de l'époque, les décideurs étaient à la recherche de solutions permettant de garder le contrôle du peuple en lui occupant les mains, le souvenir de la révolte des canuts étant encore bien vivace, avec des soubresauts réguliers ...
En deuxième lieu, l'esthétique des maçonneries et la nature des pierres sont très proche de celles des fortifications, par exemple ; ceci est particulièrement visible sur les soutènements (comme celui du départ à Saint Just), les culées et piles des pont du FOL, le tunnel des Massues, etc.
Je me trompe peut-être, mais ce serait une hypothèse à vérifier...